QTLの寄与率をr/qtlで計算しています。
以下のページを参考にしています
How can I get the the percentage of phenotype variance explained by a QTL?
https://groups.google.com/forum/#!topic/rqtl-disc/wyHxuaBr-gA
fitqtl() を使って計算します。
formula="y~Q1+Q2+Q3"
out.fq <- fitqtl(cross, qtl=qtl, formula=formula,pheno=trait.id)
summary(out.fq)
$result.full
df SS MS LOD %var Pvalue(Chi2) Pvalue(F)
Model 3 1515.210 505.06993 8.056636 17.08753 4.37793e-08 6.030568e-08
Error 194 7352.131 37.89758 NA NA NA NA
Total 197 8867.341 NA NA NA NA NA
$result.drop
df Type III SS LOD %var F value Pvalue(Chi2) Pvalue(F)
2@23.4 1 560.4122 3.158383 6.319958 14.78754 0.0001368593 0.0001631004
6@34.5 1 474.0002 2.686255 5.345460 12.50740 0.0004361334 0.0005070081
8@46.7 1 358.9511 2.049507 4.048013 9.47161 0.0021249709 0.0023887012
QTLの寄与率は
%var shows QTL contributions(%).
2@23.4 -> 6.319958
6@34.5 -> 5.345460
8@46.7 -> 4.048013
QTLー座の分散の、表現型分散に対する比を QTLの寄与率としています
%var = percent of the phenotype variance explained by the QTL.
2@23.4 -> 6.319958 = 560.4122/8867.341
QTL三座の寄与率は17.08％です
