2017年8月14日月曜日

ddRAD-Seq で制限酵素を選ぶには？

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ddRAD-Seqを行う際に、どの制限酵素を選択するか？がとても重要になります。 実際に実験をしてみるということもできますが、お金がかかります。 rare とfrequent cutter の組み合わせをどうすべきか？ リファレンスゲノムがある場合には、 in silic...
2017年3月13日月曜日

wgetでIDとパスワードを指定するには

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大きいサイズのファイルをftpサイトからダウンロードする機会が増えてきました。 IDとパスワードを指定する時 例えば　 http://example.ac.jp/test.txt から id:hkanekane password:123456 でダウンロードする場合...
2017年3月8日水曜日

GATKのエラー(2)

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GATKでいつも問題になってしまうのが、 read group fields です。 詳しい説明は以下のページを参照していただければと思います。 https://software.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=6472 ...
2017年2月14日火曜日

GATKのエラー(1)

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GATK実行中に以下のようなエラーが出ました。 SAM/BAM/CRAM file <filename> appears to be using the wrong encoding for quality scores 解決方法は以下のページに書かれています...
2017年1月25日水曜日

r/qtl でのエラーについて

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QTL解析をrqtlを用いて行う場合、以下のようなエラーが出ることがあります。  In checkcovar (cross, pheno.col, addcovar, intcovar, perm.strata,  ... :  addcovar appears to be ...
2016年12月25日日曜日

リファレンスゲノムのバージョン変換 - イネ編

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イネのデータベースのリファレンスゲノムがIRGSP build 4あるいは IRGSP   build 5になっている場合には、今使っている リファレンスゲノムIRGSP1.0に変換する必要があります Samtoolsを使うと簡単！FASTAファイルから部分配列...
2016年12月24日土曜日

Mapchart 2.30の使い方-データ準備編

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Mapchart 2.30のインストールについては、 インストール編 をご利用ください。 MapChart の書式は MapChart example 4のファイルを を参考にすると使いやすいです。 連鎖地図の書式 group B TG608   ...