hkaneのLab Notebook
2017年8月14日月曜日
ddRAD-Seq で制限酵素を選ぶには?
›
ddRAD-Seqを行う際に、どの制限酵素を選択するか?がとても重要になります。 実際に実験をしてみるということもできますが、お金がかかります。 rare とfrequent cutter の組み合わせをどうすべきか? リファレンスゲノムがある場合には、 in silic...
2017年3月13日月曜日
wgetでIDとパスワードを指定するには
›
大きいサイズのファイルをftpサイトからダウンロードする機会が増えてきました。 IDとパスワードを指定する時 例えば http://example.ac.jp/test.txt から id:hkanekane password:123456 でダウンロードする場合...
2017年3月8日水曜日
GATKのエラー(2)
›
GATKでいつも問題になってしまうのが、 read group fields です。 詳しい説明は以下のページを参照していただければと思います。 https://software.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=6472 ...
2017年2月14日火曜日
GATKのエラー(1)
›
GATK実行中に以下のようなエラーが出ました。 SAM/BAM/CRAM file <filename> appears to be using the wrong encoding for quality scores 解決方法は以下のページに書かれています...
2017年1月25日水曜日
r/qtl でのエラーについて
›
QTL解析をrqtlを用いて行う場合、以下のようなエラーが出ることがあります。 In checkcovar (cross, pheno.col, addcovar, intcovar, perm.strata, ... : addcovar appears to be ...
2016年12月25日日曜日
リファレンスゲノムのバージョン変換 - イネ編
›
イネのデータベースのリファレンスゲノムがIRGSP build 4あるいは IRGSP build 5になっている場合には、今使っている リファレンスゲノムIRGSP1.0に変換する必要があります Samtoolsを使うと簡単!FASTAファイルから部分配列...
2016年12月24日土曜日
Mapchart 2.30の使い方-データ準備編
›
Mapchart 2.30のインストールについては、 インストール編 をご利用ください。 MapChart の書式は MapChart example 4のファイルを を参考にすると使いやすいです。 連鎖地図の書式 group B TG608 ...
›
ホーム
ウェブ バージョンを表示