2014年3月30日日曜日

CyanoBaseの使い方　〜情報整理編　その2 vlookup関数

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CyanoBaseのAPIとGoogle スプレッドシートを利用した情報の整理方法をご紹介します。 遺伝子IDがわかっていて、その情報を調べたいときに非常に便利です。 CyanoBase では 遺伝子リスト のCSVとテキストフォーマットの取得API を 提供していま...
2014年2月20日木曜日

CyanoBaseの使い方　情報整理編　その１

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  CyanoBase  では URL  と表示コンテンツの関係が分かりやすくなっています。 たとえば、 /cyanobase/Synechocystis/genes/slr1311  は遺伝子 ID  slr1311 のページを提供しています。 調べた...
2014年2月11日火曜日

CyanoBaseの使い方〜応用編・APIの利用

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  今回はCyanoBaseの使い方の応用編です。APIの利用を中心にご紹介します。 CyanoBaseではキーワード検索の結果をtxt形式で保存することが出来ます。 たとえば、psbをキーワードにした場合 40の遺伝子がヒットしました。 これらの結果をダウ...
2013年12月18日水曜日

cyanobaseのとtogotv作成

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cyanobaseのtogotvを作成しました。 ちょうど NARに論文が公開されて 、良い時期なのではないかと思い作成しました。 いつもはRAの学生さんがtogotvを作成されていますが、ヘビーユーザーがtogotvを作成すると面白いのではないかと考えたからで...
2013年12月4日水曜日

KAAS を使ってortholog assignment & pathway mapping

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KAAS - KEGG Automatic Annotation Server を使って ortholog assignment & pathway mapping を行いました ESTの配列を BBH methodで解析 http://www.genome.jp/k...
2013年11月27日水曜日

超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeの検索結果をスプレッドシート上に表示

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”Google スプレッドシートを使ってprimer情報を整理する”の続きです 前回はスプレッドシート上で自動リンクで開くようにする方法をご紹介しました。 今回はリンクを開かずに、スプレッドシート上に検索結果を表示する方法をご紹介します。 ImportDataという関...
2013年7月10日水曜日

超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeを使ってprimer 情報を整理する

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 超絶高速ゲノム配列検索GGGenome を使うとprimer 情報を整理するのが便利になります primerの位置はゲノム配列情報が更新されると、変わってしまいます その度にprimerの位置情報を更新するのは非常に時間がかかりますが、 超絶高速ゲノム配列検索GGGeno...