2014年6月22日日曜日

Google Sitesで表を簡単に作成する

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Google Site sで表を作成するには 「ページを編集」 → 「表」→「表を挿入」 https://sites.google.com/site/howtousesites01/page/pejini-biaowo-cha-rusuru-jian-yi を使います。し...
2014年5月27日火曜日

Short sequencesのNucleotide BLAST

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短い配列のblastはgggenomeがオススめ http://gggenome.dbcls.jp/ja/ しかしながら、ゲノム配列が登録されていない生物種の場合自分でblast検索をする必要があります。 local blastの設定はこちらを...
2014年4月1日火曜日

Excelでセル内の余分なスペースを削除する

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遺伝子IDをコピペするときなど、気付かないうちにスペースも一緒にコピーしている事が有ります。 ”slr1311”と" slr1311"は似ているけど、後者にはスペースが入っています。 このスペースが作業中いたずらをすることが多いので、一括してスペースを削...
2014年3月30日日曜日

CyanoBaseの使い方　〜情報整理編　その2 vlookup関数

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CyanoBaseのAPIとGoogle スプレッドシートを利用した情報の整理方法をご紹介します。 遺伝子IDがわかっていて、その情報を調べたいときに非常に便利です。 CyanoBase では 遺伝子リスト のCSVとテキストフォーマットの取得API を 提供していま...
2014年2月20日木曜日

CyanoBaseの使い方　情報整理編　その１

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  CyanoBase  では URL  と表示コンテンツの関係が分かりやすくなっています。 たとえば、 /cyanobase/Synechocystis/genes/slr1311  は遺伝子 ID  slr1311 のページを提供しています。 調べた...
2014年2月11日火曜日

CyanoBaseの使い方〜応用編・APIの利用

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  今回はCyanoBaseの使い方の応用編です。APIの利用を中心にご紹介します。 CyanoBaseではキーワード検索の結果をtxt形式で保存することが出来ます。 たとえば、psbをキーワードにした場合 40の遺伝子がヒットしました。 これらの結果をダウ...
2013年12月18日水曜日

cyanobaseのとtogotv作成

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cyanobaseのtogotvを作成しました。 ちょうど NARに論文が公開されて 、良い時期なのではないかと思い作成しました。 いつもはRAの学生さんがtogotvを作成されていますが、ヘビーユーザーがtogotvを作成すると面白いのではないかと考えたからで...