2014年7月12日土曜日

IGVでbamファイルが表示されない

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IGVでbamファイルを開こうとしたのですが、開くことが出来ても全く表示されません。 ネットで調べても原因としてあげられるのは、「bamファイルをsortする」ということがほとんどです。samtoolsでbamファイルをsortしても症状はおなじでした。 原因を見つけるま...
2014年7月9日水曜日

OpenRefineで列を結合~ Excelのconcatenateに相当する作業を...

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Open Refineで列を結合する場合 Excelでは concatenate に相当します chr列とposition列を結合し、間に"."を入れてみます。 Excelでは =concatenate(A1, ".", B...

sedコマンドを使わずに、スラッシュを含む文字列の置換 ~ Open Refineを利用

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送られてきたデータにスラッシュが含まれていたので、sedコマンドが使えない... そこでOpen Refineを利用 変換したい列を選択し、 Edit cells から Transform...を選択 次のような画面が出てくるので、 value.replac...
2014年7月8日火曜日

DDBJ pipelineからbam, bam.baiファイルをダウンロードしてIGVで利用

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DDBJ pipelineを利用して解析を行っているのですが、結果をIGVで表示させたいと考えました。 IGVの使い方を見るとsorted bam fileとbam index fileが必要と書かれています。 samtoolsで変換しなければいけないと考えていました...
2014年7月5日土曜日

サイズの大きいzip fileを解凍

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bam.zip ファイルが解凍できないというトラブルがあったので、解決法をメモしておきます。 当初は解凍先を外付けHDにしていたためだと考えていました。 HDのフォーマットを大容量用 に変更しました。 しかしHDの設定を変更しても、エラーが出てきました。 Mac User...
2014年6月22日日曜日

Google Sitesで表を簡単に作成する

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Google Site sで表を作成するには 「ページを編集」 → 「表」→「表を挿入」 https://sites.google.com/site/howtousesites01/page/pejini-biaowo-cha-rusuru-jian-yi を使います。し...
2014年5月27日火曜日

Short sequencesのNucleotide BLAST

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短い配列のblastはgggenomeがオススめ http://gggenome.dbcls.jp/ja/ しかしながら、ゲノム配列が登録されていない生物種の場合自分でblast検索をする必要があります。 local blastの設定はこちらを...