2015年10月17日土曜日

Tasselでvcf fileが読み込めない

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Tassel　5.0　 を使っているのですが、どうしても読み込めないvcf fileがありました。 http://www.maizegenetics.net/#!tassel/c17q9 マニュアルをみると、vcf formatとして、tasselでは http:/...
2015年10月14日水曜日

遺伝研スパコンからのデータ転送

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スパコンへのデータ転送 ターミナルを使用して、localからスパコンへ /Volumes/xxxx/xxx.shというファイルを転送する場合、 scp /Volumes/xxxx/xxx.sh username@gw.ddbj.nig.ac.jp:/home/use...
2015年10月6日火曜日

ubuntuのjavaをアップデート

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AWSを使っていて、ubuntuのjavaのバージョンが古かったのでアップデート 以下のページを参考にさせて頂きました。 http://www.yottanote.com/contents/linux/ubuntu/oraclejava_update.html u...
2015年7月22日水曜日

Linuxコマンドの覚え書き

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すぐに忘れてしまうので、備忘録として... コマンド ~（チルダ、と読む） ホームディレクトリを意味 「cd」のみを打つ操作 ホームディレクトリへの移動 ls ...
2015年6月1日月曜日

ggplot2でSNP数のヒストグラムを作成

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Rのggplot2を用いて染色体ごとに分けて、position ごとのSNP数のヒストグラムを作成 #R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet" # ggplot2を読み込み library(gg...
2015年5月31日日曜日

RAD-Seqを用いて、ヘテロの遺伝子型を解析

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RAD-Seqを用いて、ヘテロの遺伝子型を解析した論文に関して調べてみました。 Hoffman JI, Simpson F, David P, Rijks JM, Kuiken T, Thorne MA, Lacy RC, Dasmahapatra KK. High-thr...
2014年9月5日金曜日

SnpEffが動かない...

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SnpEffをインストールして java -Xmx4G -jar /hkane/software/snpEff/snpEff.jar　..... を実行しようとすると以下のようなエラーが出てしまいました。 Exception in thread "main...