2016年3月24日木曜日

vcf fileから複数個体を取り出す

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vcftoolsを使うと、指定した個体のvcf fileを作成することが出来ます まずは個体を指定するためのファイルを作成 取り出す個体をtxt fileに書き込みます たとえば A1 A2 A3 のように、改行しながら個体名を記入していきます。 vc...
2016年2月8日月曜日

vcf fileをGT(genotype)の情報のみを取り出す

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vcf fileからGT(genotype)の情報のみを取り出し、 hom_RR -> 0 het_RA -> 1 hom_AA -> 2 の値に変換するためのスクリプト あらかじめ、biallelicにフィルタリングしてあります。 vcf...
2016年1月25日月曜日

vcftoolsでフィルタリング

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様々な欠測率でフィルタリングする時のスクリプト あらかじめリストを作成しておき、そのリストの値を代入する時のシェルスクリプト vcftools_ 0.1.13 備忘録として DIR=/Volumes/vcf file=all_chr_snp vcf...
2016年1月14日木曜日

連鎖地図のマーカーの物理位置を調べる

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論文に書かれている連鎖地図上のQTLの位置を知りたいということがあります。その物理位置を推定するには、まずは連鎖地図のマーカーの物理位置を知る必要があります。 イネやソルガムのQTLはGrameneで調べることが多いです。 Gramene QTL Database ...
2015年10月17日土曜日

Tasselでvcf fileが読み込めない

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Tassel　5.0　 を使っているのですが、どうしても読み込めないvcf fileがありました。 http://www.maizegenetics.net/#!tassel/c17q9 マニュアルをみると、vcf formatとして、tasselでは http:/...
2015年10月14日水曜日

遺伝研スパコンからのデータ転送

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スパコンへのデータ転送 ターミナルを使用して、localからスパコンへ /Volumes/xxxx/xxx.shというファイルを転送する場合、 scp /Volumes/xxxx/xxx.sh username@gw.ddbj.nig.ac.jp:/home/use...
2015年10月6日火曜日

ubuntuのjavaをアップデート

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AWSを使っていて、ubuntuのjavaのバージョンが古かったのでアップデート 以下のページを参考にさせて頂きました。 http://www.yottanote.com/contents/linux/ubuntu/oraclejava_update.html u...