2016年11月15日火曜日

QTLの寄与率

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QTLの寄与率をr/qtlで計算しています。 以下のページを参考にしています How can I get the the percentage of phenotype variance explained by a QTL? https://groups.g...
2016年10月25日火曜日

Mapchart 2.30の使い方-インストール編-

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QTLの情報を連鎖地図に書き込みたいときに便利なツールをご紹介します。 Mapchart 2.30 Software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs https://www.wur.nl/en...
2016年7月2日土曜日

plink formatをvcfに変換 - convert plink files to VCF

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PLINK 1.90 beta を準備 (20180208追記) ダウンロードはここから https://www.cog-genomics.org/plink2/ 必ずPLINK 1.90を使ってください。 # Convert binary...
2016年4月22日金曜日

AWS S3とフォルダを同期する

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AWSコマンドラインインターフェースの利用 AWS Command Line Interface　OS Xで設定 以下のページを参考にしました http://docs.aws.amazon.com/cli/latest/userguide/...
2016年4月2日土曜日

シェルスクリプトで文字列をランダムに並び替え

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1)配列を入力 hkane$ array=(A1 A11 B54 C65 A23 A45 A33 A65 A78) 2) 配列をまずは配列を表示 全要素を改行区切りで配列に設定します for item in "${array[@]}...
2016年3月24日木曜日

vcf fileから複数個体を取り出す

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vcftoolsを使うと、指定した個体のvcf fileを作成することが出来ます まずは個体を指定するためのファイルを作成 取り出す個体をtxt fileに書き込みます たとえば A1 A2 A3 のように、改行しながら個体名を記入していきます。 vc...
2016年2月8日月曜日

vcf fileをGT(genotype)の情報のみを取り出す

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vcf fileからGT(genotype)の情報のみを取り出し、 hom_RR -> 0 het_RA -> 1 hom_AA -> 2 の値に変換するためのスクリプト あらかじめ、biallelicにフィルタリングしてあります。 vcf...