KAAS - KEGG Automatic Annotation Server
を使ってortholog assignment & pathway mappingを行いました
ESTの配列をBBH methodで解析
http://www.genome.jp/kaas-bin/kaas_main?mode=est_b
結果は
| CL1Contig2 | K02706 |
| CL1Contig4 | K08912 |
| CL1Contig5 | K02888 |
| CL1Contig6 | K08913 |
| CL1Contig7 | K08912 |
という感じに、IDとKOのリストが表示されます。
このままだとORTHOLOGY: K02706のNameやDefinitionがわからない...
そこで、Open Refineを利用してそれぞれのKOに対応する情報を取得しました。
KOに対応する情報の取得にはTogoWS REST serviceを利用しています
まずOpen Refineをインストール方法は統合TVを参考にしました
まず、
Create a project
でKAASの結果ファイルを開きます
Next
Create Project
表が作成されました
つぎにpathway情報を取得します。
Edit column → Add column by fetching URLs...
column名を入力し、Throttle delayを 50に設定します
Expressionの欄に
"http://togows.dbcls.jp/entry/kegg-orthology/" + value + "/pathways"
と入力
しばらくすると以下のようにpathwaysが表示されました
これをダウンロードして、解析やデータベースを作成することができます。
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