2014年2月20日木曜日

CyanoBaseの使い方　情報整理編　その１

 CyanoBase ではURL と表示コンテンツの関係が分かりやすくなっています。

 たとえば、
/cyanobase/Synechocystis/genes/slr1311 は遺伝子ID slr1311 のページを提供しています。

調べたい遺伝子IDを入力しなくても、直接そのページに移動する事が可能です。

 これを利用して、遺伝子のリストを作成し、すぐにその遺伝子のページに移動できるようにGoogle Spread Sheetを使ってみます。

 Google Driveの使い方はTogoTVを参照して下さい。


遺伝子IDのリストをGoogle Spread Sheetに入力します。



列Bにそれぞれの遺伝子IDに対応したURLを生成します。
関数は CONCATENATEを利用しています。　文字列を別の文字列に結合します。
詳しくは以下のページを参照して下さい。
https://support.google.com/drive/answer/3094123?hl=en



URLを指定する"http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/"という文字列と、遺伝子IDが入力されているセルA2の文字列を結合します。

=CONCATENATE("http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/",A2)


これで、リンク先のURL　http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/slr0611　が生成され、すぐに遺伝子の情報のページを見ることができます。

 この関数はGoogle Spread Sheedだけでなく、Excelでも使う事が出来ます。

投稿者 時刻: 0 件のコメント:

2014年2月11日火曜日

CyanoBaseの使い方〜応用編・APIの利用

 
今回はCyanoBaseの使い方の応用編です。APIの利用を中心にご紹介します。

CyanoBaseではキーワード検索の結果をtxt形式で保存することが出来ます。
たとえば、psbをキーワードにした場合

40の遺伝子がヒットしました。
これらの結果をダウンロードするには、右側のtxtボタンをクリックします。

このファイルを保存し、Excelなどの表形式で開くと簡単に情報を整理する事が出来ます。


CyanoBase では、URL と表示コンテンツの関係が分かりやすくなっています。
遺伝子IDさえわかれば直接参照出来るように設計されています

Synechocystissp. PCC 6803の情報をまとめて取得することも可能です。

遺伝子の情報は

からcsv形式で取得できます。

遺伝子ID、遺伝子名、ポジション、アノテーションのリストです。

アミノ酸配列の情報は


遺伝子シンボルは


研究論文から専門のキュレーターが抽出した遺伝子シンボルのリストは

こちらの方が遺伝子シンボルの情報量は多いです。


以上のように、CyanoBaseに含まれる全生物種について同様に情報を取得する事が出来ます。






投稿者 時刻: 0 件のコメント:
登録: 投稿 (Atom)