今回はCyanoBaseの使い方の応用編です。APIの利用を中心にご紹介します。
CyanoBaseではキーワード検索の結果をtxt形式で保存することが出来ます。
たとえば、psbをキーワードにした場合
これらの結果をダウンロードするには、右側のtxtボタンをクリックします。
このファイルを保存し、Excelなどの表形式で開くと簡単に情報を整理する事が出来ます。
CyanoBase では、URL と表示コンテンツの関係が分かりやすくなっています。
遺伝子IDさえわかれば直接参照出来るように設計されています
- http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/{GeneID} 遺伝子のページ
- http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/{GeneID}.fna 塩基配列
- http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/{GeneID}.faa アミノ酸配列
- http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/blast_hits/{GeneID} blast検索の結果
- http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/orthologs/{GeneID} CyanoBase に含まれる配列集合での、BLAST双方向ベストヒットとしてのオーソログ
- http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/iprscan_matches/{GeneID} InterProScan の結果
Synechocystissp. PCC 6803の情報をまとめて取得することも可能です。
遺伝子の情報は
からcsv形式で取得できます。
遺伝子ID、遺伝子名、ポジション、アノテーションのリストです。
アミノ酸配列の情報は
遺伝子シンボルは
研究論文から専門のキュレーターが抽出した遺伝子シンボルのリストは
こちらの方が遺伝子シンボルの情報量は多いです。
以上のように、CyanoBaseに含まれる全生物種について同様に情報を取得する事が出来ます。
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