vcf fileから複数個体を取り出す

vcftoolsを使うと、指定した個体のvcf fileを作成することが出来ます

まずは個体を指定するためのファイルを作成
取り出す個体をtxt fileに書き込みます

たとえば
A1
A2
A3

のように、改行しながら個体名を記入していきます。

vcftools --gzvcf test.vcf.gz --keep <filename> 

で、系統名を記入したファイルを指定します。

数個体だけ取り出す場合は、ファイルを作成する必要は有りません。

vcftools --gzvcf test.vcf --indv A1 --indv A2 --indv A3

何度も--indvで個体を指定するのは面倒ですが、ファイルを作るよりは簡単かもしれません