超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeを使ってprimer 情報を整理する

 超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeを使うとprimer 情報を整理するのが便利になります

primerの位置はゲノム配列情報が更新されると、変わってしまいます
その度にprimerの位置情報を更新するのは非常に時間がかかりますが、超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeを使うと最新の情報に更新されるので非常に便利です

Excelでprimer情報を整理することもできますが、Google スプレッドシートを使うのがおすすめです
入力した配列情報からGGGenomeへのリンクができ、その情報をスプレッドシート上に表示させる事ができるからです

この場合はrice のゲノムを指定しているので、
=IF(LEN(B2)>0, CONCATENATE("http://gggenome.dbcls.jp/ja/rice/ ",B2),"")
と入力しています

gggenomeのページに記載してありますが（以下http://gggenome.dbcls.jp/ja/を一部引用させていただきました）

検索結果へのリンク：

• http://GGGenome.dbcls.jp/db/k/sequence[.format][.download]

• db
 → hg19, mm10, rn5, galGal4, xenTro3, danRer7, ci2, dm3, ce10, TAIR10, rice, bmor1, refseq, ddbj。省略時は hg19

生物種やDBによってdbの部分を変更します


TAIR →　Arabidopsis   
=IF(LEN(B2)>0, CONCATENATE("http://gggenome.dbcls.jp/ja/TAIR10/ ",B2),"")

ミスマッチ/ギャップを許容する場合は
=IF(LEN(B2)>0, CONCATENATE("http://gggenome.dbcls.jp/ja/TAIR10/ 2/",B2),"")

この場合は2のミスマッチ／ギャプを許容しています
http://GGGenome.dbcls.jp/db/k/
のkの部分の数字を変更します
ミスマッチ/ギャップを許容しない場合は省略可能です

sequence情報をGGGenomeに入力する事無く、自動リンクで開くことが出来るようになり便利です。
しかしリンクを開かずにこれらの情報をスプレッドシート上に表示できれば... ということでImportDataによる情報の取得を行います

（つづく）