vcftoolsでフィルタリング

様々な欠測率でフィルタリングする時のスクリプト

あらかじめリストを作成しておき、そのリストの値を代入する時のシェルスクリプト

vcftools_0.1.13

備忘録として

DIR=/Volumes/vcf

file=all_chr_snp

vcftools=/Volumes/vcftools_0.1.13/bin/vcftools

cd $DIR

mkdir filtered_vcf

missing=("0.2" "0.4" "0.6" "0.8")

for ((i=0; i< ${#missing[@]}; ++i))

do

$vcftools --gzvcf ${DIR}/${file}.vcf.gz --min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 3 --maxDP 100 --remove-indels --max-missing ${missing[$i]} --minQ 20 --recode --out ${DIR}/filtered_vcf/${file}_MS${missing[$i]}_bi_MQ20_DP3-100

done