超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeでprimerの検索

超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeはprimerなど短い配列の検索に非常に便利です


GGGenomeでSSR RM10001の配列がイネゲノムのどの位置にあるか確認してみます

Forward_primer:25bp
CAATCACCCTCACCCTCTTATATGC

GGGenomeを利用した場合は、このような短い配列でも検索が可能です。
しかも許容するミスマッチ/ギャップの数を設定する事が出来ます。

他のDBを利用したblast検索と比較

1) MSU Rice Genome Annotation Project Databaseでこのプライマー配列をblast検索すると…

Query=  raw_sequence
        (25 letters)

Database:  all.seq
           55,986 sequences; 166,005,375 total letters.
                                                                    　　　　　　　　　　　　 Smallest
                                                                      　　　　　　　　　　　　 Sum
                                                              　　　　　　　　　High  　　Probability
Sequences producing High-scoring Segment Pairs:              Score  　　　P(N)     　　 N

       *** NONE ***

検索する事が出来ませんでした


2) Rice Annotation Project (RAP) DBで同じ配列をblat検索してみると

Hit #1		Query:	Query (25 letters)
		Hit:	chr01

Alignment	Query			Hit		Identity (%)
	Start	End	Strand	Start	End
	1	25	+	27707	27731	100
Query: 1 caatcaccctcaccctcttatatgc 25 ||||||||||||||||||||||||| Hit : 27707 caatcaccctcaccctcttatatgc 27731

と結果が表示されました。

しかしCAATCACCCTCACCCTCなどの17bp以下の配列では

BLAT result

No hits found.

となってしまいます。

RAP-DBと比較してGGGenomeの方が圧倒的に早く検索が可能です

primer配列の検索にはGGGenomeを!