2014年3月30日日曜日

CyanoBaseの使い方 〜情報整理編 その2 vlookup関数

CyanoBaseのAPIとGoogle スプレッドシートを利用した情報の整理方法をご紹介します。
遺伝子IDがわかっていて、その情報を調べたいときに非常に便利です。

CyanoBaseでは遺伝子リストのCSVとテキストフォーマットの取得API提供しています。

Synechocystissp. PCC 6803の場合

http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis#api
を開きます。



まずAPIを利用して、Synechosystisの情報をダウンロードます。

この遺伝子リストファイルには
遺伝子ID、位置情報、definitionが含まれます。
ファイルをダウンロードして、利用します。

ここからはGoogle Driveを使った作業です。
Google Driveの使い方は以下のTogoTVを参照して下さい。


先ほどダウンロードした遺伝子リストファイルをGoogle Driveで開きます。



このシート(Sheet1)で使う遺伝子リストの範囲は、B列からG列まで。B列の遺伝子IDを検索し、対応するG列のDefinition情報を取り出します。 


別のシートに調べたい遺伝子リストをA列に、B列に下記の関数を記入します。


=vlookup(A1,'Sheet 1'!B:G,6,false)

この関数は
=VLOOKUP(検索値〔A1〕,範囲〔遺伝子リストのあるシートの範囲〕, 列番号〔選択した範囲の6列目に取り出したいデータがある〕,検索方法の指定(false:完全一致する場合のみ
を示しています。




この関数を入力しておけば、A列の遺伝子IDに対応するDefinitionを検索する事なく、すぐに表示させることが出来ます。

このvlookup関数はGoogle Spreadsheetだけではなく、Excelでも利用可能です。