#R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
# ggplot2を読み込み
library(ggplot2)
#snpデータの読み込み
snp<-read.csv("~/hkane/typed_SNP.csv",header=T)
#データはこんな形式です
head(snp)
chr position
1 Chr01 52854
2 Chr01 52891
3 Chr01 207031
4 Chr01 395474
5 Chr01 395956
6 Chr01 912099
chrの列に染色体番号、positionの列に位置情報
qplot(position, #positionごとに
data = snp, #snpのデータを使って
geom = "histogram", #ヒストグラムを作成
binwidth = 1000, #幅を設定
facets = chr~.) #chrごとに分けて
一部しか表示していませんが、こんな感じです
