ddRAD-Seqを行う際に、どの制限酵素を選択するか？がとても重要になります。
実際に実験をしてみるということもできますが、お金がかかります。
rare とfrequent cutter の組み合わせをどうすべきか？
リファレンスゲノムがある場合には、in silico digestsでの手法が可能です。
fragmatic というperlのプログラムを使います。
以下のサイトが参考になると思います。
fragmatic fragmatic.pl
https://github.com/tkchafin/fragmatic
https://www.researchgate.net/post/Which_pair_of_restriction_enzymes_will_be_most_suitable_for_digesting_cattle_genome_for_ddRAD_sequencing
断片が増えるとdepthが低くなります。
また、制限酵素によっては、SNPがconding regionに多い場合、non-coding regionに多い場合があります。
最適な制限酵素はどの組み合わせか？
決めるのはなかなか難しいようです。
