2013年11月27日水曜日

超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeの検索結果をスプレッドシート上に表示

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”Google スプレッドシートを使ってprimer情報を整理する”の続きです 前回はスプレッドシート上で自動リンクで開くようにする方法をご紹介しました。 今回はリンクを開かずに、スプレッドシート上に検索結果を表示する方法をご紹介します。 ImportDataという関...
2013年7月10日水曜日

超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeを使ってprimer 情報を整理する

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 超絶高速ゲノム配列検索GGGenome を使うとprimer 情報を整理するのが便利になります primerの位置はゲノム配列情報が更新されると、変わってしまいます その度にprimerの位置情報を更新するのは非常に時間がかかりますが、 超絶高速ゲノム配列検索GGGeno...
2013年7月7日日曜日

超絶高速ゲノム配列検索GGGenomeでprimerの検索

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超絶高速ゲノム配列検索GGGenome はprimerなど短い配列の検索に非常に便利です GGGenomeでSSR RM10001の配列がイネゲノムのどの位置にあるか確認してみます Forward_primer:25bp CAATCACCCTCACCCTCTTATAT...
2013年6月22日土曜日

TodoDBからデータをダウンロード

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TogoDBではデータを検索で絞り込み、ダウンロードすることができます Simple Search の[ Download ]ボタンや Advanced Search の[ Download ]ボタンをクリ ックすると、データベースのデータを CSV 形式でダウン...
2013年6月13日木曜日

TogoDB ~fileのアップロード

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TogoDBでデータベースを公開するためには、Excelなどを利用してcsvファイルを準備します。 Importボタンから Database nameを入力 Upload fileでファイルを選択 これで完了です。 しかしmacでファイルを作成し...
2013年6月2日日曜日

TogoDBを使うために... アカウントの作成

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TogoDB を開くと次のような画面が出てきます。 赤色のボタンのDataBaseをクリックしてから始めます。 下のようなログイン画面が出てくるので、OpenIDを入力しSign Inします。 TogoDBを利用するためには...

TOGO DBってすごい！

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 EST 配列を自前の DBで公開したいと考えました。 さて、どうやったら良いか見当もつきません。 そんな時教えていただいたのが TOGO DB です。 この画面を見ただけではどこから始めようか... 当時はTogoDBが出来たばかりということもあり...