DDBJ pipelineからbam, bam.baiファイルをダウンロードしてIGVで利用

DDBJ pipelineを利用して解析を行っているのですが、結果をIGVで表示させたいと考えました。

IGVの使い方を見るとsorted bam fileとbam index fileが必要と書かれています。

samtoolsで変換しなければいけないと考えていましたが、これらのファイルをDDBJ pipelineの結果からダウンロードすれば良いことに気づきました。

mappingの結果のページから、下記の二つのファイルをダウンロードすればOK

ダウンロードが上手くいっているかを確認するため、ダウンロードしたファイルに対してMD5というツールを使いました。

$hkane:openssl md5 ファイル名

出てきた結果が、DDBJ pipelineのページの一番右のカラムのMD5の部分をクリックした結果と同じであれば正常です。

MD5の使い方を教えてくださったK様にこの場を借りてお礼申し上げます。