IGVでbamファイルが表示されない

IGVでbamファイルを開こうとしたのですが、開くことが出来ても全く表示されません。
ネットで調べても原因としてあげられるのは、「bamファイルをsortする」ということがほとんどです。samtoolsでbamファイルをsortしても症状はおなじでした。
原因を見つけるまで時間がかかったので、ここに書いておきます。

reference genomeの位置は表示されます。

試しにsortしていないbamファイルを利用してみましたが、今度は開くことが出来ません。
bam, bam.baiファイルには問題なし
開くことは出来るので、きちんと***.bamという表示はありました。

下のGeneも表示されているので、Reference Genomeの設定も問題なさそうです。

原因は…
bam file
>chr01
fasta fale
>Chr01
gff3 file
>chr01
何が違うかお気づきですか？

実は染色体名が大文字と小文字で異なっており、同一のものと認識されなかったことが原因です。

他のパターンとして
bam file
>Chr01
fasta fale
>Chr01
gff3 file
>chr01

の場合は一番下の「Gene」の表示が出来ません。
表示されない場合は、同一のIDかどうか？を確認してみてください。