2013年12月18日水曜日

cyanobaseのとtogotv作成

cyanobaseのtogotvを作成しました。





ちょうどNARに論文が公開されて、良い時期なのではないかと思い作成しました。
いつもはRAの学生さんがtogotvを作成されていますが、ヘビーユーザーがtogotvを作成すると面白いのではないかと考えたからです。

cyanobaseの特徴は何か?ということが伝わるように考えました。

1番の特徴はマニュアルキュレーションにより文献から抽出した情報がDBで公開されていることです。

文献から抽出した情報のうち、最も使われているのは
Gene symbol extracted from literature
だと思います。
これは他のDBでは公開されていない、cyanobase独自のものです。

TogoAnnotationを利用し、専門知識を持ったキュレーターが論文から手動で情報を抽出したものです。
時折誤った情報が紛れていますが、これは論文著者自身のミスが少なからず含まれています。
キュレーターが修正する方法もありますが、著者自身の記述を優先するという方針で入力しています。ご了承下さい。

遺伝子に対する参考文献情報も充実しております。
参考文献情報では、その遺伝子について言及しているセクション情報や同じ論文で記述されている他の遺伝子の情報を見ることが出来ます。

是非ご利用ください。

2013年12月4日水曜日

KAAS を使ってortholog assignment & pathway mapping


KAAS - KEGG Automatic Annotation Server
を使ってortholog assignment & pathway mappingを行いました
ESTの配列をBBH methodで解析
http://www.genome.jp/kaas-bin/kaas_main?mode=est_b


結果は

CL1Contig2 K02706


CL1Contig4 K08912
CL1Contig5 K02888
CL1Contig6 K08913
CL1Contig7 K08912




という感じに、IDとKOのリストが表示されます。

このままだとORTHOLOGY: K02706のNameやDefinitionがわからない...

そこで、Open Refineを利用してそれぞれのKOに対応する情報を取得しました。

KOに対応する情報の取得にはTogoWS REST serviceを利用しています
まずOpen Refineをインストール方法は統合TVを参考にしました



インストール後、TogoWS REST serviceを利用して情報を取得しました




まず、


Create a project 


でKAASの結果ファイルを開きます

Next

Create Project



表が作成されました

つぎにpathway情報を取得します。



Edit column → Add column by fetching URLs...

column名を入力し、Throttle delayを 50に設定します



Expressionの欄に

"http://togows.dbcls.jp/entry/kegg-orthology/" + value + "/pathways"
と入力

しばらくすると以下のようにpathwaysが表示されました
これをダウンロードして、解析やデータベースを作成することができます。