Tasselでvcf fileが読み込めない

Tassel　5.0　 を使っているのですが、どうしても読み込めないvcf fileがありました。

http://www.maizegenetics.net/#!tassel/c17q9

マニュアルをみると、vcf formatとして、tasselでは

http://www .1000genomes.org/wiki/analysis/variant-call-format/vcf-variant-call-format-version-42

https://cseweb.ucsd.edu/classes/fa14/cse182-a/notes/VCFv4.2.pdf

を採用しているようです。

読み込むことの出来るvcf fileでは

##fileformat=VCFv4.2

読み込むことが出来ないvcf fileでは

##fileformat=VCFv4.1

##fileformat=VCFv4.0

となっており、これが原因で読み込むことが出来ないかもしれません。

【追記】
本来ならばVCF fileをそのまま読み込めるはずですが、うまく行かない場合はvcftoolsを用いてvcf fileをplink形式などに変換します。

http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html#COMPARISON%20OPTIONS

OUTPUT OTHER FORMATS
--plink のオプションを使います。

変換したplink fileを用いれば、無事に解析が出来ました。

遺伝研スパコンからのデータ転送

スパコンへのデータ転送

• ターミナルを使用して、localからスパコンへ

/Volumes/xxxx/xxx.shというファイルを転送する場合、

scp /Volumes/xxxx/xxx.sh username@gw.ddbj.nig.ac.jp:/home/username/xxxxx/

パスワードを要求されるので、入力するとデータが指定したパスに転送される

• ターミナルを使用して、スパコンからlocalへ

sftp username@gw.ddbj.nig.ac.jp

を入力すると、

Connected to gw.ddbj.nig.ac.jp.

が表示される。

sftp> get /home/username/xxxxx/xxxxx.sam

ubuntuのjavaをアップデート

AWSを使っていて、ubuntuのjavaのバージョンが古かったのでアップデート

以下のページを参考にさせて頂きました。

http://www.yottanote.com/contents/linux/ubuntu/oraclejava_update.html

ubuntu@********:~$ java -version

java version "1.7.0_79"

もともとインストールされているjavaはjava version "1.7.0_79"

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java

sudo apt-get update

sudo apt-get install oracle-java8-installer

再度バージョンを確認

ubuntu@********:~$ java -version

java version "1.8.0_60"