PLINK 1.90 betaを準備
(20180208追記)ダウンロードはここから
https://www.cog-genomics.org/plink2/
必ずPLINK 1.90を使ってください。
# Convert binary files to vcf format.
--bfileはPLINKのファイルがbinary fileの時に使います。
plink --file your_ped_map_input --recode vcf
plink --bfile your_bed_bim_fam_input --recode vcf
