Tasselでvcf fileが読み込めない

Tassel　5.0　 を使っているのですが、どうしても読み込めないvcf fileがありました。

http://www.maizegenetics.net/#!tassel/c17q9

マニュアルをみると、vcf formatとして、tasselでは

http://www .1000genomes.org/wiki/analysis/variant-call-format/vcf-variant-call-format-version-42

https://cseweb.ucsd.edu/classes/fa14/cse182-a/notes/VCFv4.2.pdf

を採用しているようです。

読み込むことの出来るvcf fileでは

##fileformat=VCFv4.2

読み込むことが出来ないvcf fileでは

##fileformat=VCFv4.1

##fileformat=VCFv4.0

となっており、これが原因で読み込むことが出来ないかもしれません。

【追記】
本来ならばVCF fileをそのまま読み込めるはずですが、うまく行かない場合はvcftoolsを用いてvcf fileをplink形式などに変換します。

http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html#COMPARISON%20OPTIONS

OUTPUT OTHER FORMATS
--plink のオプションを使います。

変換したplink fileを用いれば、無事に解析が出来ました。