論文に書かれている連鎖地図上のQTLの位置を知りたいということがあります。その物理位置を推定するには、まずは連鎖地図のマーカーの物理位置を知る必要があります。

イネやソルガムのQTLはGrameneで調べることが多いです。

Gramene QTL Database

たとえば、ソルガムの第8染色体上の出穂関連QTL AQGN050を調べる場合、Associated Markersの情報から、SSRの情報を得ます。

>txp105_reverse Sorghum bicolor Primer [21 bp]. Associated to 'txp105' via primer_reverse
TGTTGACGAAGCAACTCCAAT

と書かれています。

この配列を超絶高速ゲノム配列検索し、物理位置を調べます。primerのような短い配列は、blastでヒットしないことも多いため、こちらで検索しています。

大量のプライマーの位置情報を得るときには、GoogleSpreadSheet を利用します。

リンク先のシートを参考にして頂ければ、位置情報だけでなく、PCRのサイズも調べることが可能です。

これで大まかな物理位置を調べることが出来ました。

SSRの場合はこのように比較的簡単なのですが、RFLPマーカーの場合は難しくなります。

maizeのRFLPマーカーを利用している場合、MaizeGDBのデータベースから配列を調べることが可能です。

例えば、umc107というRFLPマーカーの場合、このマーカーをキーワードに検索を行うと

locusの情報が出てきます。

Probes:

の部分には p-umc107 (via RFLP Hybridization)へのリンクがあります。

このページのリンク先を見るとSTS化された配列を入手できました。

この配列データから、このRFLPマーカーの物理位置を調べることが可能です。

他にもRFLPマーカーの配列情報を入手する方法としてはNCBIのデータベースでマーカー名を入力して検索を行うことが考えられます。

先ほどのumc107をキーワードに検索すると、Geneでヒットします。二つの染色体がヒットしますが、今回は第1染色体の情報を得たいのでumc107aの配列を調べることにします。

Name/Gene ID	Description	Location	Aliases
Select item 100282170 umc107b(croc) ID: 100282170	uncharacterized LOC100282170 [Zea mays]	Chromosome 5, NC_024463.1 (10941609..10947256, complement)	ZEAMMB73_755942, GRMZM2G090172
Select item 100192908 umc107a(croc) ID: 100192908	uncharacterized LOC100192908 [Zea mays]

連鎖地図のマーカーの物理位置を調べることは、このように手作業で検索することが多いです。

もう少し効率の良い方法をご存知でしたら、教えて頂きたいと思います。

hkaneのLab Notebook