短い配列のblastはgggenomeがオススめ
しかしながら、ゲノム配列が登録されていない生物種の場合自分でblast検索をする必要があります。
local blastの設定はこちらを参考に
今回はblast+を使っています。
NCBIのサイトに
"Search for short and near exact matches" under Nucleotide BLAST is useful for primer or short nucleotide motif searches.
詳しく書かれています。
通常のnucleotide-nucleotide BLASTの設定では、短い配列はうまく見つけることが出来ません。
そこでword size、filter setting, expect valueをオプションで設定しておく必要があります。
今回はword sizeだけ設定しました。
20bp以下のprimer配列をfasta形式にまとめています。
hkane$ blastn -db database.fasta -query primer.fasta -out 出力ファイル名 -outfmt 6 -word_size 7 -num_alignments 2
”-outfmt 6”にしてタブ区切りで出力しています。Excelで開き、データをまとめる事が出来ます。
blast+の場合の各カラムとDescriptionは
| Column | NCBI name | Description |
| 1 | qseqid | Query Seq-id (ID of your sequence) |
| 2 | sseqid | Subject Seq-id (ID of the database hit) |
| 3 | pident | Percentage of identical matches |
| 4 | length | Alignment length |
| 5 | mismatch | Number of mismatches |
| 6 | gapopen | Number of gap openings |
| 7 | qstart | Start of alignment in query |
| 8 | qend | End of alignment in query |
| 9 | sstart | Start of alignment in subject (database hit) |
| 10 | send | End of alignment in subject (database hit) |
| 11 | evalue | Expectation value (E-value) |
| 12 | bitscore | Bit score |
です。
